O Curso de Mestrado em Ciência da Computação atualmente tem conceito 5 segundo a avaliação da CAPES, sendo reconhecido como centro de excelência e referência nas suas áreas de atuação. Desde sua criação, o Curso de Mestrado vem crescendo continuamente em produção cintíficae qualidade, contando hoje com mais de 80 alunos em dedicação exclusiva, tendo produzido mais de 250 mestres, sendo que 40 destes nos últimos dois anos. Boa parte dos alunos recentemente formados está fazendo doutorado no país e no exterior. Outros ocupam posições de liderança, nas suas áreas de atuação, nos mais diversos centros públicos e privados. Para os alunos que entraram em 2000 estará em vigor um novo regimento interno que entre outras coisas reduziu o número de créditos necessários para a obtenção do mestrado.