MC911  -  Computação Biológica
IN1040 - Tópicos Avançados em Algoritmos e Complexidade 2
(Computação para Problemas de Biologia Molecular)


outubro de 2004  a  março de 2005

 

Objetivos da Disciplina
Neste curso iremos explorar as três formas básicas de lidar computacionalmente  com dados genômicos:

    - Comparative Sequence Analysis

    - Pattern Discovery / Inference

    - Structural Biology

 Inicialmente teremos uma introdução aos conceitos básicos de Biologia Molecular que são essenciais para a compreensão da aplicações.  Depois passaremos à apresentação de técnicas, a partir de uma visão mais geral, baseada em textos de livros.  Finalmente,  discutiremos alguns artigos especializados, procurando dar uma visão realista do estado atual da pesquisa na área.

Professor, Local e Hora

Bibliografia Básica em Livros Texto 

 

Alunos Matriculados 

Programação das Aulas

Aula

Data

Assunto 

1

13/out Apresentação do curso e da área de Biologia Computacional em geral

2

19/out Introdução à Biologia Molecular (parte 1) - DNA, Proteínas e o Dogma central da Biologia

3

20/out Alinhamento Global de Seqüências

4

26/out Alinhamento Semi-Global e Local de Seqüências
5 27/out Transcrição de genes (animação),  Identificação de genes usando GeneScan
6 08/nov Estruturas de dados para Inferência de Motifs: Árvores de Sufixos e Arrays de Sufixos 
7 09/nov Algoritmos para Inferência de Motifs com substituição, inserção e remoção 
  15/nov Feriado - Proclamação da República 
8 16/nov Compressão de DNA 
9 17/nov Alinhamento múltiplo de cadeias 
10 22/nov Análise Estatística de Cadeias de DNA 
11 23/nov Análise Estatística de Cadeias de DNA  ; Hidden Markov Models (Introdução)
12 29/nov Hidden Markov Models 
13 30/nov Clusterização de dados de Micro-Array 
14 06/dez Árvores Evolucionárias
15 07/dez Árvores Evolucionárias
16 13/dez Rearranjo de Genomas
17 14/dez Rearranjo de Genomas
18 17/jan Algoritmos Genéticos aplicados à geração automática de HMM´s para Análise de Seqüências
19 18/jan Algoritmos Genéticos aplicados à geração automática de HMM´s para Análise de Seqüências
20 24/jan Introdução à Análise de Estruturas de Proteínas
21 25/jan Modelagem de Estruturas de Proteínas
22 31/jan Comparação e Detecção de Padrões Estruturais em Proteínas
- 07-08/fev Feriado - Carnaval 
23 14/fev Reconstrução de Haplotype  (Lauro)  
24 15/fev Reconstrução de Redes de Genes (Carla)
25 21/fev Abordagens para Reconstrução de Redes de Genes (Diogo)
26 22/fev Identificação de Regiões Funcionais em trechos não codificantes do DNA humano (Don)
27 28/fev Busca de tandem Repeats (Fábio)
28 01/mar Redes Bayesinas para Inferênciade Redes gênicas (Gustavo Bastos)
29 07/mar Alinhamento de Grafos em Busca de Motifs (Jalila)
30 08/mar Alinhamento de Grafos em Busca de Motifs (Liliam)

 

[Última alteração em 23/02/2005 por katia.]

Página pessoal de Katia