Apresentação da Disciplina
O objetivo deste curso e apresentar a area de Biologia Molecular Computacional, introduzindo conceitos essencias da Bilogia para a compreensao da area de aplicacao, dos problemas praticos de Bio-Informatica e Biologia Computacional que envolve a manipulacao e analise de dados biologicos e problemas da area, juntamente com abordagens computacionais para a sua solucao.

Esta disciplina faz parte do perfil Bio-informatica. Alunos interessados neste perfil devem procurar fazer tambem a cadeira Aprendizagem de Maquina (se ainda nao fizeram) para usar em projetos no futuro.

• Professora: Katia S. Guimarães
• Local: Sala D-001
• Hora:  Tercas 10:00-12:00 e Quintas 08:00-10:00hs

• Handbook of Computational Molecular Biology. Srinivas Aluru - Chapman & Hall/CRC, 2006.
• An Introduction to Bioinformatics Algorithms. Neil C. Jones and Pavel Pevzner - The MIT Press, 2004.
• Computational Molecular Biology - An Algorithmic Approach. Pavel Pevzner - The MIT Press, 2000.
• Bioinformatics: A Practical Guide to the Analysis of Genes and Proteins. Andreas Baxevanis & Francis Ouellette - Wiley-Interscience, 1998.
• Introduction to Computational Molecular Biology. João Carlos Setubal & Joao Meidanis - PSW Publ. Co., 1997.
• Essential Cell Biology: An Introduction to the Molecular Biology of the Cell. Bruce Alberts et al. - Garland Pub., 1997.

• Visao geral da Biologia Molecular Computacional
  • Historia
  • Ciencias envolvidas
  • Estrutura e funcao do DNA, do RNA e das proteinas
  • Tipos de Problemas Computacionais
  • Metodos da Biologia Computacional
• Alinhamento de Sequencias e Sequenciamento de DNA
  • Replicacao de DNA, Clonagem, Construcao de Bibliotecas
  • Alinhamento de duas sequencias
  • Alinhamento de multiplas sequencias
  • Repeats, Contigs e Scaffolds
  • Alguns programas de montagem de DNA
• Classificacao de Sequencias Biologicas
  • Estrutura do DNA: Genes, intron, exons, regioes reguladoras, sitios de ligacao
  • Anotacao de Sequencias
  • Estrutura e funcao do DNA, do RNA e das proteinas
  • Traducao, transcricao e o codigo genetico
• Estruturas de Dados Biologicos e Busca em Cadeias
  • Arvores de sufixos e arrays de sufixos
  • Busca de motifs em Cadeias de DNA e de proteinas
• Introducao aa Biologia celular
  • Sinalizacao intra-celular
  • Regulacao genica, complexos e processos metabolicos
  • Expressao genica
  • Analise de Dados de Micro-array e Redes de Genes
• Familias de Proteinas e Predicao de Estruturas
  • Protein Data Bank (PDB)
  • Niveis de representacao de proteinas
  • Dominios conservados e familias de proteinas
  • Predicao de estruturas de proteinas
• Bancos de Dados Biologicos
  • Sequencias de DNA
  • Genomas
  • Sequencias de proteinas
  • Estruturas de proteinas
  • Interacao proteina-proteina
  • Caminhos metabolicos
  • Microarrays
  • Diversos (SNPs, doencas)

• Esta disciplina nao tem nenhum pre-requisito formal, mas ela foi concebida como uma disciplina do perfil Bio-informatica da graduacao em CC, portanto pressupoe que o aluno tem conhecimento dos conteudos das disciplinas dos periodos basicos.
• A avaliação será feita em função das notas obtidas nos:
  • 80% - Projetos que serão desenvolvidos ao longo do curso. O aluno deve saber programar em C, C++, Pascal, JAVA, Perl ou Python. Os projetos serao simples, e nao vao requerer a construcao de objetos ou metodos, ou belas interfaces graficas.
  • 20% - Testes curtos para verificar o acompanhamento do material por parte do aluno.
  Alunos de outros Centros cursando esta disciplina devem se identificar com tal, de forma que um plano de avaliacao alternativo possa ser definido.