PROCESSOS SOBRE À CADEIA DE DNA         1- SmaI : localiza na cadeia de DNA a subcadeia CCCGGG e cortará a cadeia em dois segmentos CCC e  GGG
                                                                                    GGGCCC                                                           GGG    CCC
        2- EcoRI : localiza a subcadeia CTTAAG e quebra em CTTAA    e           G
                                                         GAATTC                    G               AATTC
 
 

IMPLEMENTAÇÃO COM LIGAÇÃO

Mecanismo básico (fsm)

  1. Que lerá a fita de entrada.
  2. Processará a informação.
  3. Produzirá uma saída.
Esse mecanismo trata-se de um autômato

EX:
 



 




O autômato do exemplo verifica se uma dada entrada é mútiplo de três.

Nosso objetivo é transformar esse autômato para uma representação em DNA. Como a entrada desse automato trata-se de uma de uma string binária é necessário adequa-la para a representaçao em DNA. Isto é feito com o uso de adaptadores, dupla cadeias de Dna, usualmente com uma cadeia simples como saliência que indica o estado atual além de possuir uma subcadeia que indica o próximo símbolo lido e um loop (cadeia não hibridizada, cujo tamanho depende do números de estados do fsm) que indica o proximo estado .

ALFABETO DE ENTRADA :

simbolo 1 : GAG

simbolo 0 : GCA

O mecanismo de controle é feito por uma molécula dinâmica, essa consiste de uma cadeia dupla de DNA com um segmento que indica o estado atual e outro que indica o último símbolo lido.

ESTADOS :

estado 0 : ttat

estado 1 : gctg

estado 2 : ctca

Molécula inicial : GGGGAGATCttatCTTAA
                          CCCCTCTAG

O automato do exemplo tera 6 combinações : : 00,01,10.11,20,21
 
 

SIMULAÇÃO NO DNA
 
 

[0] 0 :                                         TCt
                                               A        t
                    CCCGGGGAG            atCTTAAGAG c
tataGAATTGGGCCCCTC       -     TAGAATTCTC

[0] 1 :                                      GCg
                                            A         t
                   CCCGGGGCA              cgCTTAAGAG c
tataGAATTGGGCCCCGT        -      GCGAATTCTC
 
 

Apenas diferem em GAGATCTTAT para o primeiro e GCATGCGCTG

[1] 0 :
                                                 ACc
                                              C         t
                     CCCGGGGAG             caCTTAAGAGc
cgacGAATTGGGCCCCTC       -      GTGAATTCTC

[1] 1 :
                                                TCt
                                             A        t
                    CCCGGGGCA            atCTTAAGAGc
cgacGAATTGGGCCCCGT       -    TAGAATTCTC

Apenas diferem em GAGCACCTCA para o primeiro e GCAATCTTAT para o segundo.

[2] 0 :
                                                GCg
                                             T         c
                   CCCGGGGAG               tgCTTAAGAGc
gagtGAATTGGGCCCCTC       -       ACTAATTCGC

[2] 1:
                                                 ACc
                                             C         t
                    CCCGGGGCA             caCTTAAGAG c
gagtGAATTGGGCCCCTC       -      TAGAATTCTC

Apenas  diferem em GAGTGCGCTG para o primeiro e GCACACCTCA para o segundo.