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%\title{Uma Introdução à Análise de Seqüências e Estruturas Biológicas}


\begin{document}

\chapter{Uma Introdução à Análise de Seqüências e Estruturas Biológicas}

\author{Katia S. Guimarães\inst{1}\thanks{Supported by CNPq and FACEPE.} \and
        Jeane C. B. Melo\inst{1}\inst{2}\thanks{Partially supported by CNPq.}}

\address{Centro de Informática \\
         Universidade Federal de Pernambuco \\
         Caixa Postal 7851 --
         50732-970, Recife, PE, Brasil
         \nextinstitute
         Departamento de Física e Matemática \\
         Universidade Federal Rural de Pernambuco \\
         R. Dom Manoel de Medeiros, s/n - Dois Irmãos \\
         52171-900, Recife, PE, Brasil
         \email{katia@cin.ufpe.br, jcbdm@cin.ufpe.br}
}

%\maketitle


\begin{abstract}
Contributions and possibilities of the Computer Science for the Proteomics era are overviewed in this work.
Some algorithms and data structures used in Computational Biology for database search and repetition inference
are discussed here. Additionally, the HMMs and their application to detect protein families' members are treated.
The secondary structure prediction problem is also introduced, through techniques used in classical or recently
developed predictors. Finally, the comparison of 3D structures is explained, considering different levels of
representation and similarity measures used in this problem.
\end{abstract}

\begin{resumo}
Uma visão abrangente das contribuições e possibilidades da Ciência da Computação
na era Proteômica é apresentada. Algoritmos e estruturas de dados utilizados em
Biologia Computacional para busca em bancos de dados e inferência de repetições
estão entre as abordagens discutidas. Adicionalmente, os HMMs e suas aplicações
no reconhecimento de famílias de proteínas são tratados. O problema da predição de
estrutura secundária de proteínas também é introduzido, explicando técnicas presentes
em preditores clássicos ou recentemente desenvolvidos. Finalmente, a comparação de estruturas
 terciárias é explanada, considerando diferentes níveis de representação e medidas de similaridades
usados neste problema.

\end{resumo}



\section{Images}

All images and illustrations should be in black-and-white, or gray
tones. The image resolution on paper should be about 600 dpi for
black-and-white images, and 150--200 dpi for grayscale images. Do not
include images with excessive resolution, as they may take hours to
print, without any visible difference in the result.

\section{References}

Bibliographic references must be unambiguous and uniform. We recommend
giving the author names references in brackets, e.g. \cite{knuth:89}, \cite{smith:99}.

\bibliographystyle{apalike}
\bibliography{example}

\end{document}